Hast du mal versucht, nach dem Zurücksetzen auch nochmal die Einstellungen zu speichern?

Also:
GIMP Tastenkombi zurücksetzen, dann speichern.
GIMP neu starten.
Jetzt sollten deine Tastenkombis funktionieren wie als GIMP neu war.
PS.: und lass mal das Häkchen bei den dynamischen Tastenkombis weg.