Je nach eingestellter Auflösung und Dateiformat beim Speichern gäbe es mit Gimp u.a. diese Möglichkeit:
Erstelle über Datei - Neu ein neues Bild, wähle dazu z.B. eine Vorlage im Format A3 aus. Hintergrund - Weiß.
Danach wieder im Menü Datei - als Ebenen öffnen - das erste eingescannte Bild öffnen (z.B. obere Hälfte des ursprünglichen Dokumentes),
dann ebenfalls "als Ebene öffnen"- das zweite eingescannte Bild.
Damit liegt im Ebenendialog die weiße Hintergrundebene ganz unten und darüber die eingescannten Ebenen, die sich teilweise überdecken.
Mit dem aktivierten Verschiebewerkzeug

bewege nacheinander die Ebenen so, dass sie wie das ursprüngliche Dokument zusammenpassen. Achte darauf, dass nach dem Verschieben beide Ebenen innerhalb der Hintergrundebene liegen. (Über Bild - Leinwandgöße lässt sich bei Bedarf ein zu kleiner Hintergrund anpassen)
Das Bild lässt sich anschließend nach Bedarf zuschneiden

und auch skalieren

Abschließend als XCF speichern und als JPG oder PNG exportieren.
In den
Themen vom Schupperkurs für Gimp2.10 sind einige der benötigten Grundlagen zu finden.